深圳虚拟大学园孵化器依托深圳高新区良好的外部环境和深圳虚拟大学园的院校科教资源，坚持以产学研结合为手段，以市场为导向，以服务为根本，努力建设成为聚集深圳虚拟大学园成员院校创新要素，是转化科技成果、孵化科技企业、培养高科技人才的创新平台。
    深圳虚拟大学园2003年被认定为“国家高新技术创业服务中心”；2007年被评为“深圳市优秀科技企业孵化器”；2007年被认定为“广东省教育部产学研结合示范基地”；在科技部火炬中心2014年度、2016年度及2017年度国家级科技企业孵化器的考核评价中，深圳虚拟大学园孵化器被评为优秀（A类）；2018年深圳虚拟大学园入选南都大数据研究院发布的“中国高校孵化器10强”名单；在2019年南方都市报联手国际数据集团发布的第二届中国孵化器TOP评选中，深圳虚拟大学园获评粤港澳优秀孵化器特奖；2020年被认定为“粤港澳科技企业孵化器”。
    深圳虚拟大学园孵化器是由全额财政拨款事业单位运营，依托海内外60多家高校，以服务港澳高校为特色的公益性孵化机构。孵化器使用总面积2.64万㎡，可供孵化企业使用的场地面积近2.2万㎡，占孵化器使用总面积的83.33％，公共服务面积4350㎡。截至2020年12月，孵化器在孵企业92家，当年毕业企业16家，累计毕业企业188家，年内新增在孵企业30家，为培育经济发展新动能，推动经济高质量发展，建设深圳国家创新型城市建设做出了的贡献。
    为进一步提升深圳虚拟大学园的创新能力、拓展国家级科技企业孵化器的服务职能，完善孵化服务体系，实现科技企业孵化器促进技术创新、成果转化、支持科技创业、带动社会就业的战略任务，深圳虚拟大学园通过主办深创赛，培养科创博士后，全面深化深港澳科教合作，提升创新能级，积极吸引和对接全球创新创业资源，大力推动港澳高校青年创新创业，加大优秀的创业企业的引进力度，使孵化器的建设与发展更上一层楼。